Criado pela Lei Estadual nº 5.476, de 4 de outubro de 1978, o Museu Histórico de Santa Catarina (MHSC) teve sua abertura na Casa da Alfândega, em Florianópolis, realizada em 2 de março de 1979, conforme termo de abertura assinado pelo Secretario da Educação e Cultura, Professor Márcio Cesar Moraes.  

A mudança efetiva da Alfândega para o Palácio Cruz e Sousa ocorreu antes mesmo que a lei que transferia o MHSC para a nova casa fosse sancionada: “No dia 5 de dezembro de 1986 ocorreu a solenidade em que o governador Esperidião Amin sancionou a lei que transferia definitivamente o MHSC e o IHGSC para o Palácio Cruz e Sousa”. (BRUHNS, 2010, p 143.), Na Lei n. 6.900, de 5 de dezembro de 1986, o Palácio passa aos cuidados do MHSC. (SOUSA, 2004, p 74.). 

A História

Em meados do século XVIII, época em que foi criada a Capitania da Ilha de Santa Catarina e nomeado seu primeiro governador, o brigadeiro José da Silva Paes, foi também construído junto à praça da Vila de Desterro um prédio de três secões e dois pavimentos para ser a nova "Casa de Governo". Durante mais de um século, o Palácio passou por diversas modificações, até que na mudança republicana uma grande reforma (1894–1898) foi realizada, adquirindo as características arquitetônicas preservadas até o presente.

Dez estátuas alegóricas esculpidas pelo artista italiano Gabriel Silva ornamentam a parte externa do prédio, coroando as platibandas. Entre elas, a padroeira do estado, Santa Catarina; a ninfa evocativa dos mares, Anfitrite; e o deus mitológico Mercúrio, compondo com duas barricas, alegoria alusiva ao comércio e à indústria catarinenses, respectivamente, sendo o último localizado no alto da fachada lateral, à direita. Os ladrilhos da calçada à frente do palácio foram importados e assentados no ano de 1910.

Posteriormente, nas obras de manutenção, foram realizados inúmeros acréscimos e modificações internas, além de repinturas que se acumularam em várias camadas com o passar dos anos. Em 1977 deu-se início a um grande trabalho de restauração do edifício, que passou a denominar-se, em 1979, Palácio Cruz e Sousa, em homenagem ao grande poeta catarinense.